Famoso por la denuncia que hubo de afrontar en 1652, por parte del capitán Conrado de Brier ante el tesorero de la Catedral de Canaria (La Laguna, Tenerife), a cuenta de las extrañas circunstancias que concurrieron durante su no menos extraña peripecia a bordo del navío, en que el capitán era contramaestre, al aducir éste que fray Juan llevaba consigo, en un viaje que hizo con él a Ámsterdam un libro de oraciones de judíos, y que mantenía en relación con ellos. Afonso de Armas solía vestir de seglar y se hacía llamar Juan Pereira de Castro, lo que hacía más verosímil la denuncia. Entre los documentos que se le incautaron, su correspondencia y unos versos de tema religioso y estilo conceptista.
Foto de portada: detalle del título del estudio del historiador Alberto Anaya sobre los judeoconversos en Canarias