Su propósito inicial fue continuar el espíritu liberal y regionalista de la institución, incorporándolo al período final del siglo -tiempo democrático, europeísta e internacionalista- en el cual el autogobierno del Archipiélago y sus alternativas internas son asunto político primordial para llegar a definir esa visión regionalista que, en el primer Editorial de la revista, se identifica con el término canariedad. Significativo es, por tanto, que ese número inicial publicara un amplio informe sobre la economía de las Islas y un resumen histórico y un índice puntual de las revistas culturales de Canarias. Número posteriores acogerían artículos dedicados al estado de la cultura en Canarias y a asuntos histórico-literarios como los viajes de Humboldt al Archipiélago o al imaginario del Teide entre historiadores y navegantes europeos de diferentes épocas. En su más lato sentido, la revista plantea una continuada reflexión sobre los diversos lenguajes de la creación en el cine, en las artes plásticas, en la literatura y en el teatro; así como acerca de las razones del creador frente a los compromisos anteriores, todo de ello al paso de la evolución que instala la cultura en las puertas del siglo XXI. De ahí que la postmodernidad y la globalización, los nacionalismo o la crisis de la izquierda; el humanismo (núm. 11 y 22), el mutlticulturalismo o la reflexión sobre la democracia (núm. 14) sean asuntos de fondo a partir de los cuales se generan los textos de las diferentes colaboraciones. Para el caso concreto de Canarias, el regionalismo y la modernidad, la inmigración en las islas o la vecindad africana son también asuntos de particular relevancia.

En lo específicamente creativo, se dedica un espacio amplio y continuado a los temas de cine, en todos los números de la revista, con dos números especiales (8 y 13). Junto al cine y las artes plásticas, se da atención al relato corto y se ve en él un camino para aproximarse a la literatura hispanomericana, que se completa con la publicación de sendos informes y antologías de poetas de El Salvador y de Venezuela. Literatura: arte y mercado, las revistas y suplementos literarios o la modernidad poética (núm. 12) dan paso a las secciones concretas de poesía y narrativa, a la recuperación de la narrativa canaria de los años setenta o a sendos homenajes a Domingo Pérez Minik* y a Pedro García Cabrera*. Cabe significar la apertura de la revista a escritores de otras lenguas: alemanes (textos de o sobre Herta Müller, Peter Handke, Gunter Grass, Peter Härtling, Ilse Aichinger o HM Erzemberger), franceses (una antología de poetas de Marsella y de Canarias, núm. 12) o de países del Este europeo (dossier de narradores croatas y canarios, núm. 14; escritores albaneses, núm. 16) o neogriegos (núm. 22). Temas de filosofía también han tenido sitio en la revista; entre otros: un dossier sobre Nietzsche (núm. 9) y otro sobre el mal y sus símbolos (núm. 15). En el número 18, se dedicó especial atención al centenario del Ateneo de La Laguna, y se revisaron los asuntos que han dado sentido a la institución dentro de la historia cultural del Archipiélago a lo largo del siglo XX (regionalismo, nacionalismo, economía...), pero en relación con los retos del siglo XXI.

Con la publicación del número 25 (junio 2008), Cuadernos del Ateneo inicia una nueva etapa. No solo se hace cargo de la dirección María José Guerra Palmero, junto a un amplio consejo de redacción, sino que la propia revista va a tener carácter básicamente monográfico y una inclinación mucho más política. También el lenguaje se adapta a los temas que trata, todos ellos de carácter polémico y vinculados estrechamente al concepto de corrección política dominante: memoria histórica, racismo y violencia, medios de comunicación, libertad y ciudadanía, fronteras y límites, solidaridad y desarrollo... En el núm. 27, el tema central es el pasado y presente del teatro; y en el 29 se publica un dossier homenaje al profesor Emilio Lledó. También, y en la línea propia de la revista, el número 30, de diciembre 2011, incluye un informe y muestrario de la nueva prosa búlgara. No se ha prescindido, en esta segunda época, de la sección de reseñas de obras literarias o de publicaciones y exposiciones de artes plásticas, a la cual se dedica un amplio espacio, desde los primeros números de la revista.