Colabora en la Revista de las Canarias (La Habana, 1890-1891) y en Las Canarias (1896-1898), donde fue publicando la que sería su obra mayor: Los canarios en América e influencia de los mismos en el descubrimiento del Nuevo Mundo (1897), obra en tres partes dedicadas, respectivamente, a la relación de Canarias con el descubrimiento y con la figura de Colón, a una biobibliografía de más de cien canarios destacados (militares y marinos, científicos, literatos y periodistas, comerciantes, obreros y agricultores); y con particular atención a la inmigración en Cuba. Otras obras suyas: Tratado de aritmética elemental (1877) o Memoria sobre una sociedad titulada Gran Sociedad Pecuaria y de Colonización, en colaboración con Juan Carbonell (1873). En 1896, Las Afortunadas publica “A mi inolvidable Carmen Déniz”, poema que dedicara a la muerte de su mujer. Nicolás Estévanez*, que llegó a conocerlo en La Habana, le tributa homenaje en Mis Memorias, y declara la amistad que lo une a Pérez Carrión. Mucho antes de encontrarse en La Habana, cuenta Estévanez, había descubierto, en su finca familiar de San Diego del Monte, una inscripción manuscrita que rezaba: El Republicano José Antonio Pérez Carrión. Anécdota que le indujo a investigar, una vez llegado a Cuba.