Debido a que en Santa Cruz todas las cuevas con restos de guanches habían sido saqueadas, el director de la compañía frutera Fyfess le proporcionó un barco para que se trasladara a Hoya Grande (Adeje), personal colaborador y alojamiento en la finca con el fin de realizar sus investigaciones en las cavernas del sur de la isla.
Un artículo aparecido en La Prensa (29 de julio) defendiendo nuestro patrimonio, hizo que el Gobernador de Canarias le prohibiera continuar las exploraciones y regresara a Santa Cruz, donde se dedicó a estudiar los 450 cráneos y demás objetos arqueológicos existentes en el Museo Municipal.
Con lo obtenido en esta misión científica, trabajó siete años en la Universidad de Harvard (Estados Unidos), publicando los resultados en el libro The Ancient Inhabitants of the Canary Islands, editado en 1925, el cual ha sido traducido al castellano (junio, 2005) por Emilio Abad Ripoll, con el título Los primitivos habitantes de las Islas Canarias.
En el citado libro, Hooton, en su "intento de reconstrucción de la prehistoria canaria", ordena en el tiempo: las invasiones producidas, las características morfológicas de cada grupo invasor, su procedencia y las islas donde se asentaron. Dedica especial atención al embalsamamiento de los guanches, su color de piel, estatura, etc. y expone sus características físicas, organización social, política, religiosa, lengua...
La citada publicación se completa con 191 tablas estadísticas, 6 croquis de cuevas, 31 figuras y gráficas y 39 fotografías de utensilios, paisajes, cráneos...
Hooton fue el primer científico que introdujo el método estadístico en la investigación bioantropológica; y también el primero en utilizar el ordenador en el laboratorio.