Concibe la idea de fundar un hospital (enfermería, lo llamó) en el cual integraría una escuela, en terrenos aledaños a la iglesia de Nuestra Señora de la Santa Cruz. Hospital y escuela para pobres y enfermos, españoles o mestizos, mulatos o negros libres. Buscó ayuda económica y personal para su fundación entre los vecinos del lugar y llamó Belén a ese centro benéfico que creció y se consolidó a partir de entonces. Solicita del obispo Payo de Ribera ser llamado Pedro de San José Bethencourt. El papa Clemente X aprueba las constituciones de la Orden Bethlemita que fundó; e Inocencia XI eleva la Compañía a Congregación, bajo la regla de San Agustín y con dependencia directa de la Santa Sede. Conocido como el hermano Pedro, dada su fama de santidad, poco después de su muerte su cuerpo será exhumado y sus restos depositados en la capilla de San Antonio, de la iglesia de San Francisco. Poco tiempo después se solicita su canonización, pero no se realizaron las primeras gestiones hasta 1698, y en 1771 seguía sin concluir el proceso correspondiente. Su obra, al parecer, se reunió en un cuaderno de apuntes, devociones, versos piadosos y otros textos. Entre ellos, su memoria de cuando ingresa en la Orden; la historia de los frailes bethlemitas, así como los textos poéticos que compuso (cantos y danzas) para la celebración del Nacimiento de Cristo que la Congregación celebraba, por la ciudad y sus calles, hasta llegar al complejo Belén, donde concluían con el rezo del Rosario. De 1661 a 1666 data la Memoria de las Coronas, para ser rezadas por los devotos de la Virgen. En 1751 se publicaría su Regla y Constituciones de la Sagrada Religión Bethlemítica, que se traduce al italiano en 1763. De 1808 data el Testamento Auténtico del Venerable Hermano Pedro de San José de Bethencourt.