Desde 1870, ocupa cátedra de diversas materias en el Instituto de La Laguna. En 1883 es nombrado catedrático numerario de Psicología, Lógica y Ética del mismo centro. En 1884 enferma de tuberculosis, su dolencia se hace irreversible y se ve forzado a abandonar su labor docente y también su actividad literaria. La mayor parte de su obra se había publicado en la Revista de Canarias*, de la cual llegó a ser jefe de redacción, y en La Ilustración de Canarias*. Tras su muerte, El Gabinete Instructivo*, de Santa Cruz de Tenerife, publica el volumen Obras de Francisco María Pinto, con prólogo de Benito Pérez Galdós* (hay edición de 2004), en el cual se reúnen sus ensayos críticos, entre los cuales destacan: “De la poesía canaria (siglos XVII-XVIII-XIX)”, “Las canarias en el descubrimiento de América”, “Teobaldo Power” o “Don Pedro Calderón de la Barca y Shakespeare”; así como sus dos novelas: Mariquita Príncipe y Un caso, testimonio novelado, esta última de su propia enfermedad. Es autor también de diversas composiciones poéticas que no llegaron a publicarse en forma de libro. A ellas se refiere Sebastián Padrón Acosta* para destacar el buen constructor de versos que era el autor, aunque el predominio de la razón sobre la imaginación restan fuerza poética a esas composiciones.